Al levantar una cubierta de madera y descender por unas gradas estrechas, se encuentra la cripta Agustina. En este espacio, resguardado por dos cruces, bajo la Sala Capitular del convento de San Agustín, el de la Chile y Guayaquil, descansan los restos del ícono de la Escuela Quiteña: Miguel de Santiago.